SnapGene破解版是一款非常好用的生物分子DNA序列分析軟件。在軟件內,你可以通過它來設計模擬DNA的克隆過程,它可以將這一過程完美的復現并且還會自動修復錯誤問題,讓你一次就可以獲得成功!同時還將用戶的每一步操作都具象化、可視化,讓你可以直觀的看到自己的工作進度。
SnapGene破解版還可以將用戶的每一步操作都保留下來,并以圖形歷史的展現方式清晰的將每一個重要步驟的節點保留,回顧起來更加方便觀看!它受國內各大高校以及多個制藥公司的歡迎,有需要的小伙伴快來下載吧!
1、In-Fusion 克隆
Clontech 的 In-Fusion 克隆技術是創建無縫基因融合的一種非常通用的方法。 SnapGene 是第一個模擬此程序的軟件。 只需選擇您想要融合的 DNA 片段,SnapGene 即可設計引物。
2、Gibson Assembly?
許多研究人員轉向 Gibson 組裝,在不使用限制性酶的情況下將片段插入質粒中。待連接的 DNA 片段通過 PCR 擴增以產生重疊的末端。SnapGene 簡化了Gibson組裝反應的計劃,并自動化了引物設計。
3、限制性克隆
SnapGene 獨特的限制克隆界面以干凈的布局顯示您需要的信息。克隆程序的規劃從來沒有這么簡單過。如果你已經知道你想做什么,克隆模擬只需要幾秒鐘。如果克隆過程存在設計缺陷,則可以在模擬過程中捕獲并糾正錯誤。
4、聚合酶鏈反應與誘變
設計引物后,它們可以用來模擬常規 PCR、重疊延伸 PCR 或誘變。得到的DNA序列文件可立即用于進一步操作。與限制克隆界面一樣,以引物為中心的界面以直觀的方式顯示關鍵信息。
5、自動保存
SnapGene 最令人驚訝的是它自動記錄了克隆項目中的步驟。每次編輯序列或模擬克隆、PCR 或誘變時,程序都會自動記錄在圖形歷史中。在模擬 DNA 構建體的創建之后,您可以使用歷史作為實驗方案。
6、瓊脂糖凝膠電泳
napGene 使用一種先進的算法來創建真實的瓊脂糖凝膠模擬。限制性片段以三種形式顯示:模擬凝膠、數值列表和序列圖。您可以使用模擬凝膠計劃診斷限制摘要,或將實際凝膠圖像與預測模式進行比較。
7、酶位點
SnapGene 以清晰的方式突出限制位點,自動標記甲基化阻斷的位點。簡單的控制可以讓你選擇有用的酶組,比如“獨特的切割器”,或者定義自定義酶組和首選供應商。信息工具提示提供關鍵數據。“限制酶”窗口顯示了數百種商用酶的詳細特性。
一、想象
1、DNA可視化
查看DNA序列的多個視圖。
地圖 · 序列 · 酶 · 特征 · 引物 · 歷史
自定義酶位點,特征,引物,ORF,DNA顏色等的顯示。地圖可以是圓形或線性格式。
2、大序列支持
瀏覽染色體大小序列。
查看 · 搜索 · 縮放
利用SnapGene的高效數據處理功能,掃描具有數千種注釋功能的大型DNA序列。
3、蛋白質可視化
查看蛋白質序列的多個視圖。
地圖 · 序列 · 屬性 · 特征 · 歷史
自定義區域,站點,鍵和序列顏色的顯示。
4、直觀的序列編輯
輕松編輯DNA和蛋白質序列。
標準編輯 · DNA結束
進行插入,刪除,替換和大小寫更改。復制并粘貼序列時,會自動傳輸功能。
5、序列顏色編碼
將選定的DNA或氨基酸序列設置為十種顏色之一。
給兩條DNA鏈或蛋白質序列著色。顏色在Map和Sequence視圖中都可見。
6、特征注釋
自動注釋常用功能,或手動注釋新功能。
自動特征檢測 · 手動特征注釋
使用SnapGene廣泛的數據庫查找DNA序列中的常見特征。您選擇的其他功能可以添加到自定義數據庫
二、模擬
1、限制性站點指標
確認限制性網站適合克隆。
獨特性 · 甲基化***性 · 特殊性質
以粗體顯示獨特的限制性位點,或選擇自動定義的Unique Cutters或Unique 6+ Cutters酶組。
2、限制性克隆
可視化克隆過程的所有方面。
如果您已經考慮過程,則模擬只需幾秒鐘。如果克隆過程存在設計缺陷,則可以捕獲并糾正錯誤。
3、PCR
模擬標準PCR。
使用您自己的引物,或要求SnapGene自動設計引物。產品文件在其歷史記錄中存儲模板和引物。
4、重疊延伸PCR
通過重疊延伸PCR融合片段。
最多可組裝八個片段。選擇要連接的片段及其方向,SnapGene將設計引物。
5、引物定向誘變
使用誘變引物進行定點誘變。
選擇誘變引物,按下按鈕查看修飾的質粒。歷史顏色突出了突變。
6、網關克隆
模擬網關BP克隆或lr克隆,或兩者在同一時間。
為方便起見,提供了常見的供體向量和目的向量。選擇要組裝的片段,SnapGene將設計引物。
7、吉布森大會
通過融合多達八個片段或通過將多達八個片段插入向量來模擬Gibson Assembly。Gibson Assembly是一種流行的無縫克隆方法。
選擇要融合的片段及其方向,SnapGene將設計引物。線性化的載體可以通過酶消化或反向PCR產生。
8、IN-FUSION 克隆
通過在向量中插入最多八個片段來模擬Clontech的In-Fusion克隆。In-Fusion克隆是一種非常通用的方法,可用于創建無縫基因融合。
選擇要融合的片段及其方向,SnapGene將設計引物。線性化的載體可以通過酶消化或反向PCR產生。
9、TA和GC克隆
通過TA或GC克隆捕獲PCR產物。
選擇傳統的TA克隆或高效GC克隆。
為方便起見,提供了常見的TA克隆載體和Lucigen的GC克隆載體。
10、退火Oligos
退火兩個寡核苷酸形成雙鏈產物。
使用簡單的控件添加突出限制克隆。
三、避免錯誤
1、閱讀基因融合的框架
確保構造中的已轉換要素符合框架。
鏈接翻譯 · 警告信息使用“序列”視圖可以快速查看兩個已翻譯的要素是否在框架中。如果是這樣,翻譯鏈接在同一行。如果不是,則翻譯在單獨的行上。
2、與參考序列對齊
使用強大的對齊工具檢查實際構造是否與模擬構造匹配。
四、自動錄制
1、全面的“撤銷”能力幾乎撤消任何操作。
不要害怕嘗試使用SnapGene文件 - 回溯您的步驟很容易。
2、歷史和嵌入式祖先
查看構造的圖形歷史記錄。
單擊操作以突出顯示親本和產物序列的相關部分,或單擊PCR引物名稱以查看引物序列。
單擊歷史記錄樹中的祖先以重新生成該祖先序列文件,包括其注釋和克隆歷史記錄。
3、歷史色彩
使用可選的歷史記錄顏色來標識序列的最新更改。
詳細了解構建體的組裝方式,包括結扎的粘性末端。
五、有你的數據
1、安全文件管理
將SnapGene文件保存在所需的位置。
使用熟悉的安全操作系統來存儲和整理SnapGene文件。
2、從其他格式導入
閱讀許多常見的文件格式。
不僅可以導入DNA序列,還可以導入注釋和注釋。我們將繼續開發進口商,以確保您不會被鎖定為專有文件格式
3、導出為標準格式
將序列,地圖或凝膠圖像轉換為標準格式,以便與其他軟件一起使用。
將序列導出為GeNBAnk或FASTA格式。將地圖或模擬瓊脂糖凝膠導出為常見的圖像格式。
4、使用SnapGene Viewer共享數據
將SnapGene格式的文件發送給可以下載免費SnapGene Viewer的同事或客戶。
只需將文件與鏈接一起發送到SnapGene Viewer即可。收件人將能夠看到地圖,序列和注釋,就像在完整的SnapGene界面中一樣。
六、轉換文件格式
開放式信息交換至關重要,因此SnapGene和SnapGene Viewer提供了讀取和導出常見文件格式的選項。
1、在本站下載并解壓,雙擊SnapGene.exe運行,選擇安裝路徑,點擊next
2、許可協議,點擊i agree
3、現在安裝附件,用戶可以根據需求安裝;
4、安裝完成,點擊finish即可。
1、一般技巧
首先,在程序的每一步都要小心。從長遠來看,這種方法可以節省時間。
確保DNA非常干凈。當制備載體或切除待插入的片段時,從約2μg的DNA開始。
每次酶促反應后,用旋轉柱純化DNA。在40-45μl的10mM Tris(pH8.5)中洗脫DNA,然后進行下一步反應。(在用凝膠純化DNA片段之前不需要使用旋轉柱。)
為了最大限度地提高效率,請盡量減少程序中的步驟數。例如,將鈍端片段克隆到鈍性載體位點(例如SmaI位點)比將其用Klenow或T4 DNA聚合酶鈍化的位點更好。
如有疑問,用凝膠純化DNA片段。更清潔的起始材料將產生更好的結果。
2、準備矢量
限制性克隆最常見的問題是在手術后恢復起始載體。該問題有兩個原因:載體的不完全消化,以及切割載體與其自身的重新連接。下面描述的技巧將最大限度地減少這些影響。
確保載體的消化完成。使用過量的限制酶(約20 U,2μgDNA),消化約4小時。如果載體需要用兩種具有不同最佳反應緩沖液的酶切割,則依次進行消化,并在其間進行旋轉柱純化。
消化載體(并且如果合適的話鈍化),用磷酸酶處理:在37℃下1小時處于5'突出端,或者如果DNA具有任何平末端或3'突出端則在50℃處理1小時。
用旋轉柱除去磷酸酶。通常不需要對載體進行凝膠純化,因為磷酸酶處理會使產生的任何額外DNA片段失活。
3、使用載體
確保消化和磷酸酶反應完成。徹底和反復地渦旋混合物,并且不允許任何液滴逃脫酶處理。在渦旋后短暫旋轉以確保管側沒有留下液滴是個好主意。